Czas trwania kontroli podatkowej w firmie

Otrzymałem zawiadomienie o zamiarze przeprowadzenia przez urząd skarbowy kontroli podatkowej. Jestem mikroprzedsiębiorcą. Jak długo może trwać kontrola podatkowa w mojej firmie?

Roczny limit czasu trwania kontroli prowadzonych przez urząd skarbowy u mikroprzedsiębiorcy wynosi 12 dni roboczych.

Urząd skarbowy, prowadząc kontrolę podatkową u przedsiębiorcy, ma obowiązek respektować roczny limit czasu jej trwania określony w art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców (Dz. U. z 2023 r. poz. 221 ze zm.). Przewiduje tak art. 291c Ordynacji podatkowej (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm.) Łączny czas trwania wszystkich kontroli podatkowych prowadzonych przez urząd skarbowy w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć - w zależności od wielkości firmy - określonej liczby dni roboczych. W przypadku mikroprzedsiębiorców limit wynosi 12 dni roboczych, u małych przedsiębiorców - 18 dni, u średnich przedsiębiorców - 24 dni, a u pozostałych - 48 dni.

Czas trwania kontroli podatkowej może zostać przedłużony. Należy liczyć się z tym, jeżeli w jej trakcie zostanie ujawnione, że przedsiębiorca nie złożył wymaganej deklaracji albo zaniżył zobowiązanie podatkowe w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania, jednak nie niższej niż 500 zł lub zawyżył stratę w wysokości przekraczającej równowartość 50% kwoty zadeklarowanej straty, ale nie niższej niż 2.500 zł. Czas trwania kontroli podatkowej nie może jednak w takim przypadku przekroczyć dwukrotności podstawowego limitu ustalonego dla danej kategorii przedsiębiorcy.

W orzecznictwie sądów administracyjnych dominuje pogląd, że wspomniane limity czasu trwania kontroli podatkowej dotyczą kontroli w ścisłym tego słowa znaczeniu, czyli czasu przeznaczonego na czynności prowadzone w siedzibie przedsiębiorcy lub miejscu przechowywania jego dokumentacji rachunkowej. Nie wlicza się do nich działań wykonywanych w siedzibie organu podatkowego, np. analizy dokumentów czy sporządzenia protokołu kontroli (por. wyrok NSA z dnia 16 marca 2022 r., sygn. akt II FSK 1643/19). Limity wprowadzono z myślą o ochronie przedsiębiorcy przed dezorganizacją jego działalności. Natomiast tylko czynności podejmowane bezpośrednio u przedsiębiorcy, np. zabezpieczenie znajdujących się u niego dokumentów na cele dalszego postępowania, wiążą się z pewną uciążliwością dla bieżącej działalności kontrolowanego (por. wyrok WSA w Gorzowie Wlkp. z dnia 18 października 2023 r., sygn. akt II SA/Go 486/23).

Ograniczeń czasowych nie stosuje się do niektórych kontroli, np. gdy dotyczą zasadności zwrotu VAT.